Als Folge einer dauerhaften Reizung durch die Magensäure und den Mageninhalt kann sich die Schleimhaut der Speiseröhre entzünden – man spricht von einer Refluxösophagitis. Ohne Behandlung kann sich als Folge der Entzündung ein blutendes Schleimhautgeschwür (Ulcus) entwickeln. In der Spätfolge können dadurch narbenähnliche Verengungen (Strikturen) der Speiseröhre entstehen. Diese Engstellen behindern den Transport des Speisebreis in den Magen. Das kann sich durch Probleme beim Schlucken bemerkbar machen.
Beim sogenannten Barrett-Ösophagus sind die Zellen im unteren Drittel der Speiseröhre bereits krankhaft verändert. Der Barett-Ösophagus zählt zu den Krebsvorstufen, aus dem sich nach mehreren Jahren ein bösartiger Speiseröhrentumor (Speiseröhrenkrebs oder Ösophaguskarzinom) entwickeln kann.